问：我公司为一家食品超市，市内商品的配送运输服务一直由一家小货物运输公司承担。“营改增”前，我们一直按对方开具的运费单据金额7%计算抵扣进项税额。现对方企业已经成为“营改增”试点纳税人，可以给我们提供增值税发票。但由于对方只是一家小货运公司，没有取得一般纳税人资格，只认定为增值税小规模纳税人。那我们现在接受对方运输服务时，是否还能依据对方开具的增值税普通发票计算抵扣进项税额？还是必须取得对方向税务机关申请代开的增值税专用发票才能抵扣？如何抵扣？
原回复意见：
《财政部、国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号）附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第十二条第（二）款规定：
（二）提供交通运输业服务，税率为11%。
第二十二条规定，下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（四）接受交通运输业服务，除取得增值税专用发票外，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率
运输费用金额，是指运输费用结算单据上注明的运输费用（包括铁路临管线及铁路专线运输费用）、建设基金，不包括装卸费、保险费等其他杂费。
财税〔2013〕37号文件附件2《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》规定：
（四）进项税额。
试点纳税人接受试点纳税人中的小规模纳税人提供的交通运输业服务，按照取得的增值税专用发票上注明的价税合计金额和7%的扣除率计算进项税额。
试点纳税人从试点地区取得的2012年1月1日（含）以后开具的运输费用结算单据（铁路运输费用结算单据除外），不得作为增值税扣税凭证。
根据上述规定，从试点地区取得的可抵扣进项税额的运输发票有两种：一是从一般纳税人处取得的增值税专用发票，抵扣金额为发票所载进项税额，适用税率应为11%；二是从小规模纳税人处取得增值税专用发票，抵扣金额为（发票上注明的价税合计金额*7%扣除率）；
从试点地区取得的非增值税的运输费用结算单据，及从试点地区小规模纳税人处取得的增值税普通运费发票，不得抵扣进项税额；
只有从试点地区以外的纳税人取得的“运输费用结算单据上注明的运输费用金额”，可以计算扣除进项税额。
「新出台政策及二次回复意见」再次回复
财税〔2013〕37号文件附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第二十二条规定，下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方或者提供方取得的增值税专用发票（含货物运输业增值税专用发票、税控机动车销售统一发票，下同）上注明的增值税额。
……
（四）接受铁路运输服务，按照铁路运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。
第五十条规定，小规模纳税人提供应税服务，接受方索取增值税专用发票的，可以向主管税务机关申请代开。
财税〔2013〕37号文件附件2《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》规定：
6.原增值税一般纳税人取得的2013年8月1日（含）以后开具的运输费用结算单据（铁路运输费用结算单据除外），不得作为增值税扣税凭证。
原增值税一般纳税人取得的试点小规模纳税人由税务机关代开的增值税专用发票，按增值税专用发票注明的税额抵扣进项税额。
根据上述规定，2013年8月1日（含）以后，除了规定中明确不得抵扣进项税额的项目，接受铁路运输服务的，按照铁路运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算抵扣进项税额；接受其他运输服务的，按取得的增值税专用发票（包括小规模纳税人申请代开的增值税专用发票）上注明的增值税额抵扣。
贵公司接受上述试点小规模纳税人提供的运输业服务，必须取得对方向税务机关申请代开的增值税专用发票才能申报抵扣进项税额，抵扣金额为发票上注明的税额。
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