《中华人民共和国企业所得》第三条第三款规定,非居民企业在中国境内未设立机构、场所的,或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的,应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
《中华人民共和国企业所得税法》第五十一条第二款规定,非居民企业在中国境内未设立机构、场所的,或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的,应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税,以扣缴义务人所在地为纳税地点。《国家总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》第三条进一步明确,对非居民企业取得来源于中国境内的股息、红利等权益性收益和利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得应当缴纳的企业所得税,实行源泉扣缴,以依照有关法律规定或者合同约定,对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人为扣缴义务人。
《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函〔2009〕698号)第二条规定,扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的,非居民企业应自合同、协议约定的股权转让之日(如果转让方提前取得股权转让收入的,应自实际取得股权转让收入之日)起7日内,到被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关(负责该居民企业所得税征管的税务机关)申报缴纳企业所得税。
《国家税务总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》(国税发〔2009〕3号)规定,股权转让交易双方为非居民企业且在境外交易的,由取得所得的非居民企业自行或委托代理人向被转让股权的境内企业所在地主管税务机关申报纳税。被转让股权的境内企业应协助税务机关向非居民企业征缴税款。
综上所述,非居民企业将其所持有境内公司的股权进行转让给居民企业,应在支付股权转让价款公司所在地主管税务机关履行扣缴义务。如未履行扣缴义务,则由非居民企业在被转让股权的公司所在地主管税务机关申报缴纳企业所得税。只有股权转让交易双方为非居民企业且在境外交易的,由取得所得的非居民企业自行或委托代理人向被转让股权的境内企业所在地主管税务机关申报纳税。