答:根据国家税务总局关于印发《企业所得税核定征收办法》(试行)的通知(国税发[2008]30号)规定,纳税人具有下列情形之一的,核定征收企业所得税:(一)依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的;(二)依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的;(三)擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的;(四)虽设置账簿,但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全,难以查账的;(五)发生纳税义务,未按照规定的期限办理纳税申报,经税务机关责令限期申报,逾期仍不申报的(六)申报的计税依据明显偏低,又无正当理由的。
特殊行业、特殊类型的纳税人和一定规模以上的纳税人不适用本办法。上述特定纳税人由国家税务总局另行明确。
因此,核定应税所得率的内资企业年终汇算清缴,是不能按与查账征收的企业同样方法进行年终汇算清缴的。
根据国家税务总局关于印发《企业所得税核定征收办法》(试行)的通知(国税发[2008]30号)及国家税务总局关于印发《中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表》等报表的通知(国税函[2008]44号)文附件:2.中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(B类)的规定,核定应税所得率的内资企业年终汇算清缴应视其根据何种情形(收入总额、成本费用总额、经费支出总额)核定的其应税所得率,汇缴方式是不同的。您的第2、3种理解是正确的。
如果是按收入总额核定的其应税所得率,那么年终汇算时,首先汇算本年度全年累计取得的各项收入金额,按税务机关核定的应税所得率计算全年应纳税所得额;再按《企业所得税法》规定的适用率计算全年应纳所得税额,减享受减免税优惠过渡期的税收优惠、小型微利企业优惠、高新技术企业优惠及经税务机关审批或备案的其他减免税优惠的当期实际享受的减免所得税额,再减当年累计已预缴的企业所得税额,最终计算出本年度汇算应补(退)所得税额。