部分中小企业于公司设立初期，因成本考量帐务委外处理，再加上不正确的节税规划，往往易形成对外税务申报与公司实际营运结果不同的情形，即俗称之「两套帐」（「财务帐」与「税务帐」），而当公司经营有成、业务蒸蒸日上才发现两套帐如南辕北辙、财务税务问题日渐衍生，动辄得咎，不知从何下手处理的窘境。
一家公司除非规模小，由企业负责人亲力亲为，否则就必须建立基本的内部控制，才能达到控制之效，但当公司两套帐时，有效的内部控制是不能也无法执行的，可能因部分收入不列税务帐，所以出货单或发票单据就无法续号开立，另因公司对外帐务（税务帐）未充分反映实际经营状况，造成银行融资困难，更存有员工反噬的风险。
一、常见两套帐形成原因及情形如下：
1. 以公司资金进行大股东个人之大陆或海外转投资。
2. 财务帐以集团（即多家公司）观念或公司与大股东财务未区分，进行合并记载。
3. 无存货成本结算制度。
4. 以是否取得税务凭证为入帐基础，致部分费用未入帐，如佣金。
5. 销货受限于客户端要求，发票无法如数开出。
6. 帐务委外处理，但因公司规模及营业日趋复杂，外部非专职 记帐 人员无法详实登载。
二、如何进行两帐合一呢？
1. 帐务改由公司人员自行登载
当公司规模趋大，帐务整合的第一步应将原委外帐务改由公司会计人员自行登载，才易进行整合调整及逐一登载记录实际交易情形。
2. 分析两套帐差异金额及辨认产生差异主要原因
择定基准日进行财务帐与税务帐差异数计算及分析，在做差异比对前，要确认两套帐皆已依原登载方式将所有基准日前交易完整登载，再与熟悉公司组织架构及业务之人员、财务帐登载人员讨论公司营运模式及内帐（即财务帐之俗称）登载方式后，找出可能形成两套帐原因。依所找出可能形成原因与已计算之两帐差异数进行合理性分析确认。
3. 整理各项资产负债实际数量及金额
以整帐公司之法律主体，进行资产负债实际数确认，必须在法律观念上属整帐公司之资产负债，方予列入，另实体资产（如存货、固定资产）应进行盘点，以利确认；整理过程中应将非属整帐公司之资产负债另行列表区分。
4. 处理差异
税务帐与上述3所整理之资产负债实际数及公司所需或拟整入帐务补登之资产负债数这三者差异大，必须以税务帐为主轴进行帐务补登、资产购入、报废及增减资等适法作业调整。
5. 解决问题
两套帐之所以形成，除大股东以往之错误节税观念外，大多存在以公司管理当局本身经验或专业无法解决之问题，如大陆投资超限、成本结算制度未建立等，此时则有赖外部专业人员协助来解决，才能避免帐务整合后再发生。
公司应以策励未来的角度进行帐务整合，在两帐合一过程中，藉由公司管理当局、财会人员及外部专家共同参与，除可藉此进行税务体检外，更可发现企业管理盲点，提升竞争力，有利于未来融资，企业的成长将更健康。
