企业筹办期间亏损年度的确定
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）明确，企业自开始生产经营的年度，为开始计算企业损益的年度。企业从事生产经营之前进行筹办活动期间发生筹办费用支出，不得计算为当期的亏损，应按《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函〔2009〕98号）第九条规定执行，即开（筹）办费未明确列作长期待摊费用，企业可以在开始经营之日的当年一次性扣除，也可以按照有关长期待摊费用的处理规定处理，但一经选定，不得改变。
核定征收改为查账征收方式弥补亏损
纳税人由查账征收方式改为核定征收方式，再改为查账征收方式的，其以前年度已确认未弥补的亏损可从再改为查账征收方式的年度起弥补，但弥补亏损期限以发生亏损年度的下一年开始计算，5年内不论盈亏或者改变征收方式，均连续计算弥补年限。
例如，某企业2010年为查账征收所得税企业，累计未弥补亏损150万元，其中：2008年亏损20万元，2009年亏损30万元，2010年亏损100万元。2011年采取核定征收，前期亏损不允许在2011年度税前弥补。其2012年又转为查账征收，实现利润50万元，2012年可弥补以前年度亏损50万元。2013年实现利润50万元，仍可弥补以前年度亏损50万元。
减征免征所得项目与应税项目的盈亏互抵
《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表（A类，2014年版）〉的公告》（国家税务总局公告2014年第63号）明示《关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函〔2010〕148号）作废。但是，新企业所得税申报表的《所得减免优惠明细表》（A107020）第7列“减免所得额”在填表说明明确：填报享受所得减免企业所得税优惠的企业，该项目按照税法规定实际可以享受免征、减征的所得额。本行＜0的，填写负数。且第40行第7列=表A100000第20行。而该列数据根据表内、表间关系要填到主表（A100000）第20行中，减去负数的“所得减免”实际是纳税调增。也就是说，企业免税项目亏损不能用应税项目所得弥补，应作纳税调增处理。
例如，某企业2013年应税项目所得100万元，当年取得符合免税条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益50万元，发生符合条件的技术转让损失为300万元。该公司2013年发生的技术转让损失300万元，不能用投资收益50万元进行弥补，只能用以后年度免税收入、减计收入以及减征、免征所得额来弥补；也不能用应税项目所得100万元来弥补，2013年应纳企业所得税=100×25%=25万元。
另外，除另有规定（企业合并、分立适用特殊性税务处理时亏损的继承弥补）外，境内企业之间、境内与境外企业之间、境外企业之间的盈亏不得互抵，但同一国家分支机构之间的盈亏允许互抵。企业在汇总缴纳企业所得税时，境内分支机构之间的盈亏允许互抵，境外同一国家（地区）分支机构之间的盈亏允许互抵，境外不同国家（地区）分支机构之间的盈亏也不得互抵。
