电子联行往来的会计处理如下所示：
一、会计科目的设置
除设置电子联行往帐、电子来帐科目外，为满足电子联行往来资金清算的需要，还设置了电子清算会计科目
1.“电子联行往账”科目。发报行办理代付款业务，借记本科目；办理代收款业务，贷记本科目。余额双方反映，不得轧差。与转发行核对后，正常情况下，当日结平无余额。
2.“电子联行来账”科目。收报行办理代收款业务，借记本科目；办理代付款业务，贷记本科目。余额双方反映，不得轧差。与转发行核对后，正常情况下，当日结平无余额。
3.“电子清算资金往来”科目。本科目核算各清算分中心与总中心之间电子联行资金存欠的清算。每日电子联行往账、来账科日余额分别对清后全额转入本科目，余额轧差反映。本科目不分年度，年终不通过分录结转下年新账。
二、电子联行往来的账务处理
(一)汇出行的账务处理
汇出行收到开户单位提交的应转汇结算凭证，经审查无误后，填制电子联行转汇清单，并汇总编制两联划款凭证，据以办理转账。
如为代收业务，会计分录为；
借：XX科目———XX户
贷；存放中央银行款项
如为代付业务，作相反会计分录。
转账后，将第一联划款凭证连同两联转汇清单一并送交开户的发报行。
(二)发报行的处理
发报行收到汇出行送交的有关凭证后，经审核无误，确认汇出行存款户有足够资金支付，即可办理转账。
如为代收业务，会计分录为：
借；XX银行存款——汇出行户
贷：电子联行往涨
如为代付业务，作相反会计分录。
转账后，第三联转汇清单退汇出行。第一联交计算机录入员逐笔输入电子计算机系统，并打印出电子联行往账清单，经复核无误后通过通讯网络发往转发行。候收到转发行发回的收电回执后，由电子计算机累计已发妥的往账借、贷记业务笔数和金额。每日营业终了，发推行与转发行核对当日往账无误后，即可填制转账凭证办理转账。
如为代收业务，会计分录为：
借：电子联行往账
贷：电子清算资金往来
如为代付业务，作相反会计分录。
（三）转发行的处理
转发行收到发报行的往账信息，经确认无误后，向发报行发送收电回执，同时，逐笔分批转发收报行，并验证收报行的收电回执。每日终了，转发行与发、收报行对账无误后，打印“电子联行往来平衡表”，并汇总各联行的借、贷资金，汇总后的各行借、贷资金总额应相等。每月转发行同各发、收报行用电传或邮寄对账表方式核对“电子清算资金往来”科目余额，发现不符，立即查明更正。
（四）收报行的处理
收投行收到转发行发来的来账信息，经审核无误后，向转发行发送收电回执，并按汇入行打印电子联行来账清单，经逐笔核押无误后，按总数填制两联划款凭证办理转账。
如为代收业务，会计分录为：
借：电子联行来账
贷：XX科目——XX户
如为代付业务，则作相反的会计分录。
转账后，第三联来账清单盖章后，连同一联划款凭证交汇入行。每日营业终了，收报行与转发行核对当日来账无误后，即可填制转账记账凭证办理转账。
如为代收业务，会计分录为：
借：电子清算资金往来
贷：电子联行来账
如为代付业务，则作相反的会计分录。
（五）汇入行的处理
汇入行收到收报行电子联行来账清单和划款凭证，经审核无误后，即可办理转账。
如为代收业务，会计分录为：
借：存放中心银行款项
贷：XX科目——XX户
如为代付业务，则作相反的会计分录。
