应付工程款的账务处理如下所示：
(一)办理土地储备项目工程款结算时，按照实际发生的项目支出，借记“收储项目”等科目，按可抵扣的预付工程款，贷记“预付工程款”科目，按照应付未付的工程款项，贷记本科目。
(二)支付应付工程款时，借记本科目，贷记“银行存款”等科目。
本科目期末贷方余额，反映为土地储备项目应付未付的工程款项。
【例】建设单位按合同规定根据施工企业的预支要求，向施工企业预付工程款150000元。根据付款通知和“工程价款预支账单”，作如下会计分录：
借：预付工程款150000
贷：银行存款150000
【例】建设单位收到施工企业“已完工程月报表”和“工程价款结算账单”，本期应结算工程款1000000元，其中甲工程建筑工程款450000 元，乙工程建筑工程款250000元，丙工程安装工程款180000元，临时设施费120000元。经审核属实，按协议规定抵扣预付备料款200000 元、预付工程款150000元，提留工程质量保证金100000元，实付工程款550000元。
(1)根据“已完工程月报表”，作如下会计分录：
借：建筑安装工程投资——甲工程450000
——乙工程 250000
——丙工程 180000
待摊投资 120000
贷：应付工程款 1000000
(2)根据“工程价款结算账单”和付款通知，作如下会计分录：
借：应付工程款 1000000
贷：预付备料款 200000
预付工程款 150000
其他应付款——工程质量保证金 100000
银行存款 550000
