会计档案保管期满需要销毁时，由本单位档案部门提出销毁意见，会同财务会计部门共同鉴定，严格审查。会计档案是否达到保存期限，其中还有没有未了结的债权债务的原始凭证，有没有涉及到林地、房产的产权转让契约、证券、图纸、有关货币收支的凭证，精简下放、退职还乡、公私伤亡、落实政策和救济补助的支付凭证，供给制改薪俸制、工分制改为工资制的凭证，涉及外事的凭证，以及对处理历史遗留问题有重要参考价值的原始凭证。如有上述情形的会计档案，均应单独抽出，另行立卷，由档案部门保管到确无保管之必要时再销毁。建设单位对于建设时间较长而又没有完成建设任务的项目的会计档案，不能销毁。
会计档案的销毁程序是：首先，销毁会计档案要填制“会计档案销毁目录”，将需要销毁的会计档案的“案卷标题、起止日期、目录号、案卷号、原凭证号、卷内文件张数”逐项登记后，交档案部门编入会计档案销毁清册，按规定保存。其次，要根据审批程序审批。机关、团体、事业单位销毁会计档案应报本单位领导批准;国有企业经本企业领导批准后销毁。再次，要按规定监销。各单位在按规定销毁会计档案时，应由档案部门和财务会计部门派人员监销;各级主管部门销毁会计档案时，应有同级财政部门、审计部门派人监销;各级财政部门销毁会计档案时，应由同级审计部门派人监销。监销人员要认真负责，在销毁会计档案以前要认真清点核对，销毁时要防止泄密、丢失。销毁后，档案部门、财务部门和各有关部门的监销人员要在会计档案销毁目录封面上签字盖章，归档保存，并将监销情况书面报告本单位领导。
