[案例1]：某自然人股东转让股权的涉税分析。2014年10月，王女士以现金100万元创办一家企业，2015年8月，王女士与李先生签订股权转让协议，协议约定：“王女士以90万元的价格低于成本价将100%股权转让给李先生。”截止转让前，被转让企业的所有者权益为150万元，其中注册资本为100万元，未分配利润和盈余公积为50万元。
涉税风险分析：税务机关认为该项股权转让计税依据明显偏低且无正当理由，对股权转让的计税依据进行核定，核定依据按照所有者权益150万元计算。因此，该项股权转让的财产转让所得为：150万-100万=50万。应缴纳个人所得税50万×20%=10万元。假设本案例的转让价格为120万元，如果按照申报的转让价格120万元计算，应缴纳（120-100）×20%=4（万元）个人所得税，而税务机关认为低于对应净资产份额，核定计税依据150万元，即也应缴纳个人所得税10万元。本案例说明了两种情况，一种是申报价格低于了初始投资成本，第二种是虽然高于初始投资成本，但是低于对应的净资产份额。
知识产权、土地使用权等权利的核定方法
知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达20%以上的企业，转让股权时，净资产额须经中介机构评估核实。
[案例2]：某房地产企业自然人股东转让股权的涉税风险分析。王先生持有某房地产公司M公司60%的股份，2015年2月他将股份转让给李先生，转让价款为6 000万元。转让前M公司的所有者权益为8 000万元，其中注册资本为1亿元，未分配利润为-2 000万元。M公司账面上有预收房款2亿元。如此，王先生申报个人所得税的财产转让所得为6 000万元-6 000万元=0。理由是按照对应的M公司净资产份额为4 800万元，而转让价格为6 000万元，并不低于占有M公司账面净资产份额。那么，该股权转让行为存在的税收风险为何？
涉税风险分析：知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权往往蕴含着较高的隐含增值，例如本例中虽然M公司利润为负数，那是因为地产企业预收房款尚未结转会计收入的原因，一旦结转收入将会有大量的会计利润产生，从而抬高所有者权益份额。再如股权，在成本法做账情况下，尽管被投资企业已经实现了大量利润，在被投资企业分红时，此时投资企业不做任何会计处理，因此该项股权隐含着大量的增值。由于以上原因，根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十二条第一项的规定，公司的知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达20%以时，在转让股权时，应该对目标公司进行评估，按照净资产的公允价值份额核定计税依据。
本案例中，假设经评估机构核实，M公司净资产公允价值为3亿元，那么张先生持有股权的转让价格应核定为3亿元×60%=1.8亿元，财产转让所得=1.8亿元-0.6亿元=1.2亿元，应缴纳个人所得税1.2亿元×20%=2 400万元。
股权转让收入明显偏低，视为有正当理由的四种情形
《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十三条规定，符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：（1）能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；（2）继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；（3）相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；（4）股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
