而在实务中，一些注册会计师并不重视这一审计程序，往往交由经验不多的审计助理去完成。而相当多的审计助理对银行存款函证并不是真正的了解，以下是笔者对实务中易混淆和应该关注的几个方面进行的一些思考：
函证谁
一般来说，与银行存款相关的几个余额有：银行对账单余额、企业账面余额以及银行存款余额调节表的余额。由于未达账项的存在，银行对账单和企业账面银行存款余额可能不相同。在审计工作中，我们应根据被审计单位的银行对账单审计基准日的存款余额，填写银行询证函。
由于银行对账单是被审计单位从银行取得的，函证工作也就是拿银行的数据去询证银行，这是不是意味着银行存款函证工作是个多余的审计程序?其实不然，究其原因，笔者认为有三点。
一、虽然银行对账单是从银行取得的，但是它毕竟是被审计单位提供的，属于内部证据，相对于银行询证函来说，可靠性较低。尤其是被审计单位提供的银行对账单不是原件，而是复印件或电子文件时，就会存在被涂改、伪造的可能性。而银行询证函回函是注册会计师直接获取的，未经被审计单位有关职员之手。
二、银行询证不只函证银行存款，还需要函证银行借款、注销的账户、委托存款、委托贷款、担保、有价证券等事项。也就是说，银行询证函，除了能证明银行存款存在性和所有权之外，还可以证明短期借款、长期借款等的存在性和义务。通过向往来银行函证，注册会计师不仅可了解企业资产的存在，还可了解企业账面反映所欠银行债务的情况，并有助于发现企业未入账的银行借款和未披露的或有负债。
三、银行是独立的第三方，从其获取的证据是外部证据，可靠性较高。当然，这并不表明所获得的证据是完全无误的。在实务中，银行在结算或查询过程中并不能保证完全不出错。对于银行存款这样重要的科目进行函证，对其余额进行再验证是完全有必要的。
怎么函证
首先，审计人员应取得被审计单位的银行对账单，并根据对账单上的存款余额，填写银行询证函(注意询证函是积极式询证函)，签署被审计单位的公章。
其次，对于本会计期间新开户和销户的银行账户，要取得有关资料，一并函证，特别是要函证销户账户的原开户行，以确认是否存在未入账贷款。因为有可能存款账户已经结清，但仍有银行借款或其他负债存在，或者有些借款账户已经结清，但仍有未付利息。
注册会计师写好询证函交给被审计单位盖章后，应亲自将询证函寄出，不能交由被审计单位相关人员发出。这样做法的目的是保证审计证据的可靠性。
询证函应要求银行将回函直接寄到会计师事务所，而不应 寄到被审计单位。
回函后的工作
银行存款询证函回函后，审计人员应填写银行存款函证记录表，核对回函金额与对账单余额是否相符，并记录函证日期和回函日期，记录是否存在账户冻结，账户质押等事项。通常，银行存款询证函不会出现未回函事项，如果银行未回函，审计人员应再次函证，或采取进一步的审计程序。
其他应考虑的事项
如果注册会计师评估的银行存款重大错报风险较高，或经过控制测试后，不打算信赖相应的内部控制，注册会计师应考虑扩大银行存款函证的范围。比如，抽取几个时间进行银行存款余额的函证。
对于银行账户较多的企业，要了解账户较多的原因，防止其他可能的审计风险。
