现在增值税发票系统升级版正在全国迅速推开，由于增值税发票系统升级版实现了在线开票、实时上传、多系统整合以及全票信息采集方式，在扼制不法分子的发票违法行为及方便纳税人等方面发挥了优势，为营改增全面推开打下良好的基础。其中在线申请红字发票开具就是增值税发票系统升级版的亮点之一。
旧版中，纳税人如需开具红字增值税专用发票，要携带填写好的红字增值税专用发票申请单及税务机关需要的其他资料到主管税务机关综合服务窗口进行审核，有些地方还要求主管税务所长签字，再返回综合服务窗口，审核通过后，纳税人方可获得一个新的发票代码，才能开具红字发票，这样来来回回地跑，给纳税人带来很大的不便。
升级版中，纳税人只需在增值税开票系统中填写红字增值税专用发票申请表，上传到税务机关，系统会自动校验，通过后，将信息同步传给纳税人，纳税人可通过发票管理系统中的查询功能，查询下载税务机关审核通过的带有“红字发票信息表编号”的《信息表》，开具增值税红字专用发票。
可见在升级版发票系统中开具增值税红字专用发票比旧版简便多了，纳税人坐在家里就可以短时间内完成红色发票的申请与开具。
下面谈一下在升级版中开具增值税红字专用发票要注意的六个问题：
注意一、红色发票申请时间要求
1、国家税务总局公告2015年第19号规定：一般纳税人开具增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止以及发票抵扣联、发票联均无法认证等情形但不符合作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，可以开具红字发票。
按此条规定，开具红字发票的前提是不符合“作废条件”。
增值税专用发票使用规定（国税发〔2006〕156号）所称的“作废条件”是指： 一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。
因此申请开具红字发票时间一定是在开具蓝字专用发票的次月起。
2、红色发票申请需要在企业开具蓝字发票次月，企业抄报税之后进行，因为只有企业抄报说之后，税务系统才能完整收集到购销双方增值税发票的开具及认证使用情况，系统才会自动进行校验，因此红色发票申请时间一定是专用发票开具次月企业抄报税之后。
注意二、红字发票申请人的规定
红字增值税专用发票既可以由购货方或劳务接受方申请也可以由销货方或劳务提供方提出申请。
1、红字发票由购货方或劳务接受方申请的规定
总局公告2015年第19号明确，销货方将专用发票交给购买方，应由收到发票的购买方申请，填写红字发票申请表并上传税务机关。
应由购买方申请红字发票，又分为增值税发票已认证和未认证两种情况：
第一种情况，增值税专用发票已认证相符且进行了抵扣之后发生销货退回或折让。
第二种情况，增值税专用发票无法认证抵扣：
①.专用发票抵扣联、发票联均无法认证；
②.认证结果为纳税人识别号、发票代码、发票号码不符；
③.所购项目不属于增值税抵扣项目范围。
以上几种情况均由购货方或劳务接受方进行红字发票申请。
2、红字发票由销货方或劳务提供方申请的规定
当出现以下情况时，应由销货方申请开具红字专用发票：
第一种情况，因开票有误购买方或劳务接受方拒收；
第二种情况，因开票有误等原因尚未交付。
由于在升级版上，企业申请开具红字发票申请表，申请表上均有销货方和购货方，已认证和未认证的选项，纳税人要按总局公告2015年第19号的规定，正确选择红字发票的申请人，否则无法完成红字发票的申请。
注意三、开具红字发票的流程
红字发票由于申请人不同而开具红字发票流程不同。
1、 红字发票的申请人是购货方或劳务接受方的步骤：
第一步：购买方或劳务接受方开具并提交红字发票信息表；
第二步：购买方或劳务接受方税务机关审核信息表；
第三步：购买方或劳务接受方将税务机关审核信息表交于销货方或劳务提供方；
第四步：销货方或劳务提供方开具红字专用发票。
2、红字发票的申请人是销货方或劳务提供方的步骤：
第一步：销货方或劳务提供方开具并提交红字发票信息表；
第二步：销货方或劳务提供方税务机关审核信息表；
第三步：销货方或劳务提供方开具红字专用发票。
从步骤上不难看出，在升级版中开具增值税红字发票较旧版节约了纳税人许多时间。
注意四、红字发票的填开
红字发票的填开要注意6个问题：
1、已认证抵扣的发票不需要填写对应蓝字发票的代码和发票号，这是由于增值税系统中已比对了购销双方对应的信息。
未认证抵扣的发票由于系统中尚未比对购销双方对应的信息，因此需要填写对应蓝字发票的代码和发票的号码。
2、申请单上的商品数量和金额必须填写为负数；
3、申请单上的合计金额不能大于原发票的金额；
4、作废发票、负数发票不能开具红字发票；
5、对于带折扣的蓝字发票，升级版系统中有对应的蓝字信息，系统会自动将折扣分摊反映到对应的商品行上；
6、带有清单的蓝字发票，红字发票申请单的填开界面不显示商品明细。
注意五、红字发票开具的税额要按税法及会计核算要求及时进行账务处理
账务处理分销货方或劳务提供方和购货方或劳务接受方
1、购货方或劳务接受方
①、已认证抵扣增值税进项税额的，购买方或劳务接受方应暂依信息表所列增值税税额从当期进项税额中转出；
②、购买方或劳务接受方未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方或劳务提供方开具的红字专用发票后，与信息表一并作为记账凭证，作进项税额转出；
③、经认证结果为“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”，以及所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的，购买方或劳务接受方不列入进项税额，不作进项税额转出。
2、销货方或劳务提供方
①、销售方或劳务提供方开具红字发票后，纳税人应按会计核算的要求，红字冲销红字发票开具的销项税额。
②如果发生销售退回与折让，应同时红字冲减对应的销售收入与销售成本。
注意六、简化红字发票开具手续，不等于放松税务机关对红字发票的管理
是否开具增值税红字发票是纳税人经营的需要，如果以减少缴税或通过开具红字发票来人为地调节纳税时间，调节收入，税务机关会通过系统的后台数字分析，发现问题，实施重点检查，对超过正常开票一定比例的红字发票，税务机关会重点监控，各地税务机关会根据各地管理需要不同，制定红字发票金额占蓝字发票金额的比例，用于加强对红字发票的管理。
例如，某关联企业之间频繁互开发票，同时又频繁用红字发票冲抵，税务机关就会质疑企业红字发票业务的真实性。如果经查该企业实际没有真实的销售与退货行为，这就属于虚开增值税专用发票，是严重的发票违法行为。
因此需要提醒纳税人的是：纳税人开具红字发票一定是在业务真实需要的基础上进行，不要以为简化红字发票开具手续，就是税务机关对红字发票不再管理。
对已开具的红字发票纳税人要保留原始合同，购销双方的协议、出入库单、退库单、运费发票等证明开具红字发票业务的真实性原始资料，以备税务机关的检查。
