企业（证券）向客户收取的结算手续费、向证券交易所支付的结算手续费，也通过本科目核算。
企业（证券）因证券交易与清算代理机构办理资金清算的款项等，可以单独设置“证券清算款”科目。
本科目可按清算代理机构，分别“自有”、“客户”等进行明细核算。
结算备付金的主要账务处理：
（一）企业将款项存入清算代理机构，借记本科目，贷记“银行存款”等科目；从清算代理机构划回资金做相反的会计分录。
（二）接受客户委托，买入证券成交总额大于卖出证券成交总额的，应按买卖证券成交价的差额加上代扣代交的相关税费和应向客户收取的佣金等之和，借记“代理买卖证券款”等科目，贷记本科目（客户）、“银行存款”等科目。按企业应负担的交易费用，借记“手续费及佣金支出”科目，按应向客户收取的手续费及佣金，贷记“手续费及佣金收入”科目，按其差额，借记本科目（自有）、“银行存款”等科目。
接受客户委托，卖出证券成交总额大于买入证券成交总额的，应按买卖证券成交价的差额减去代扣代交的相关税费和应向客户收取的佣金等后的余额，借记本科目（客户）、“银行存款”等科目，贷记“代理买卖证券款”等科目。按企业应负担的交易费用，借记“手续费及佣金支出”科目，按应向客户收取的手续费及佣金，贷记“手续费及佣金收入”科目，按其差额，借记本科目（自有）、“银行存款”等科目。
（三）在证券交易所进行自营证券交易的，应在取得时根据持有证券的意图等对其进行分类，比照“交易性金融资产”、“持有至到期投资”、“可供出售金融资产”等科目的相关规定进行处理。
本科目期末借方余额，反映企业存在指定清算代理机构的款项。
