在会计核算上，增值税纳税企业比营业税纳税企业更加复杂，要求也更加严格。缴纳营业税的企业，依据各项收入和对应的税率就可以计算出应纳税额，而增值税在计算应纳税额的时候就复杂得多，需要准确核算各类收入和“应缴税金——应交增值税”下的各个明细账，如果会计核算不健全，就不允许抵扣进项税额，这必然要加重企业的税收负担。部分“营改增”企业就是因为未能及时适应“营改增”的转变，在会计核算上不健全，导致不允许抵扣进项税额。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十四条和《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第二十九条之规定，一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料，应当按照销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。也就是说，如果增值税一般纳税人企业会计核算不健全，税务机关有权决定不允许企业抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票，还要按照销售额和增值税税率计算应纳税额，这将对企业的经营和税负造成重大的影响。因此企业一定要重视和健全会计核算。
对于健全会计核算问题，有关法律、法规都作了相应的规定。根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十二条的规定，会计核算健全是指能够按照国家统一的会计制度规定设置账簿，根据合法、有效凭证核算。《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第二十二条规定，“从事生产、经营的纳税人应当自领取营业执照或者发生纳税义务之日起15日内，按照国家有关规定设置账簿。前款所称账簿，是指总账、明细账、日记账以及其他辅助性账簿。总账、日记账应当采用订本式。”。《中华人民共和国会计法》第三条规定“各单位必须依法设置会计账簿，并保证其真实、完整。”；第十五条规定，“会计账簿登记，必须以经过审核的会计凭证为依据，并符合有关法律、行政法规和国家统一的会计制度的规定。会计账簿包括总账、明细账、日记账和其他辅助性账簿。”
在税务执法实践过程中，如果企业在财务核算上存在如下问题，就可能会被认定为会计核算不健全：一是账务设置过于简化，尤其是税法明确规定应当设置而未设置的有关账簿，无法满足申报纳税的必备明细核算需求；二是不能按照会计制度和税法的要求准确核算成本、收入、费用、应缴税金等各级各类账簿的有关数据，尤其是不能准确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额；三是会计科目逻辑关系混乱，对应关系出现差错；三是有关会计数据在原始凭证、记账凭证、明细账、总账、会计报表和申报表之间缺乏逻辑对应关系；四是缺乏原始凭证或者原始凭证不符合规定要求。
因此，纳税人一定要加强财务管理，健全财务核算规程，按照会计准则和财务通则的要求设立总账、明细账并如实记账，明细账必须包括：库存商品（存货）明细账、销售收入明细账、销售成本明细账、应收应付（业务往来款项）明细账、“应交税金——应交增值税”明细账等账簿；准确核算并提供进项、销项税额和应纳税额等相关纳税资料；配备或者聘请专业财务会计人员进行会计核算。从而健全会计核算，确保符合税法和税务管理的要求。
会计核算不健全，不仅会造成不允许抵扣进项税额和停止使用增值税专用发票的后果，而且如果是涉及对有关收入没有分别核算，还可能会造成从高税率征收增值税、取消减免税优惠的后果。因此，会计核算不健全危害甚大，纳税人一定要严格按照税法和会计法等法律的有关规定，健全会计核算，防范由于会计核算不健全而带来的涉税风险。
