根据《国家税务总局关于取消“单位和个人从事技术转让、技术开发业务免征营业税审批”后有关税收管理问题的通知》（国税函[2004]825 号）规定，《财政部、国家税务总局关于贯彻落实<中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定>有关税收问题的通知》（财税字[1999]273 号）第二条第三款有关“单位和个人（不包括外资企业、外籍个人）从事技术转让、开发业务申请免征营业税时，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，再持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明报当地省级主管税务机关审核”予以取消。取消审核手续后，纳税人的技术转让、技术开发的书面合同仍应到省级科技主管部门进行认定，并将认定后的合同及有关证明材料文件报主管地方税务局备查。主管地方税务局要不定期地对纳税人申报享受减免税的技术转让、技术开发合同进行检查，对不符合减免税条件的单位和个人要取消税收优惠政策，同时追缴其所减免的税款，并按照《税收征收管理法》的有关规定进行处罚。
根据上述规定，如果企业能够自行开具转让无形资产发票，则可以就此部分收入免缴营业税，同时企业需要按上述规定将相关资料准备备查；如果如问题所述情况需要到当地主管税务机关代开发票，则需要将有关资料先向相关部门（通常是分局的政策法制科）进行报备，再由税务机关代开发票，如果符合免税条件，通常是可以直接减免，即只开具发票不缴纳营业税，一般不会采取先缴纳税款再退税的做法。
