对于纳税调整，很多财税人员对收入类项目的调整关注度不及对成本、费用类项目调整的关注度。而事实上，收入类项目的调整往往金额较大，常见问题如下：
延迟确认会计收入。我们知道，纳税收入是在会计收入的基础上通过调整计算得来的，而且主要调整项目已经在纳税申报表的“纳税调整项目明细表”中列示。“纳税调整项目明细表”在设计上是基于企业会计收入的确认完全符合《企业会计制度》或新企业会计准则的规定。但在实际情况中，很多企业的财务报表并未通过相关机构的审计，会计收入的确认并不一定完全正确，因此，企业很容易因未及时确认会计收入而造成少计纳税收入。实际工作中，我们经常发现企业“预收账款”科目金额很大。对应合同、发货等情况，该预收账款应确认为会计收入，当然亦属于纳税收入。企业汇算清缴工作中，由于延迟确认了会计收入，也忽略了该事项的纳税调整，事实上造成了少计企业应纳税所得额的结果。
视同销售不进行纳税调整。视同销售在会计上一般不确认“会计收入”，而视同销售收入却属于“纳税收入”，因此企业需要进行纳税调整。由于视同销售种类比较多，企业在进行该收入类项目调整时，容易出现漏项。
条例十五条规定：企业发生非货币性资产交换以及将货物、财产、劳务用于捐赠、赞助、集资、广告、样品、职工福利和利润分配，应当视同销售货物、转让财产和提供劳务，国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
实际工作中，很多企业将产品交予客户试用，并在账务上作借记“销售费用”；将自产产品用作礼品送给他人或作为职工福利，并在账务上作借记“管理费用”。
上述事项，不仅属于增值税视同销售行为，而且属于企业所得税视同销售行为，企业所得税汇算清缴时应进行纳税调整。
财政补贴收入不进行纳税调整。对于国家政府部门（包含财政、科技部门、发改委、开发区管委会等等）给予企业的各种财政性补贴款项是否应计入应纳税所得额、应计入哪个纳税年度的问题，很多企业存在错误的理解。不少企业认为，既然是国家财政性补贴，应当属于免税收入。但事实上，财政性补贴根据不同情况可能是免税收入，也可能是不征税收入，还可能是应税收入。
财税[2009]87 号文规定：对企业在 2008 年1 月1 日至 2010 年12 月31 日期间从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，具体包括企业能够提供资金拨付文件，且文件中规定该资金的专项用途；财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。 对于不符合上述条件的财政性补贴即属于征税收入（应税收入或免税收入），当且仅当有国务院、财政部或国家税务总局 3个部门中的一个或多个部门明确下发文件确认为免税收入的，才属于免税收入，在计入会计收入的年度可进行纳税调整处理；否则即属于应税收入，应当在取得财政补贴款项的当年度计入应纳税所得额。例如财税[2008]1号文件规定的软件、集成电路增值税超过3％即征即退的增值税补贴就属于免税收入。
对于不征税收入，还应关注实施条例第二十八条的规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。也就是说，财政性补贴属于不征税收入或是属于应税收入，对应纳税所得额的影响仅仅是时间性的差异，不征税收入并不能永久性地减少应纳税所得额。
另外财税[2009]87号文还规定，企业将符合上述规定条件的财政性资金运作。事实上，我们通过对企业成本、费用扣除项目调整的分析、汇总后可得知，由于不满足税法对成本、费用扣除项目“真实性”、“合理性”及“相关性”的总体要求而进行的纳税调整金额，远远大于税法规定的比例扣除项目及政策性限制扣除项目的调整金额。
实际工作中，企业容易忽视的调整项目主要有：不合规票据列支成本、费用，不进行纳税调整。企业以“无抬头”、“抬头名称不是本企业”、“抬头为个人”、“以前年度发票”，甚至“假发票”为依据列支成本、费用，这些费用违反了成本、费用列支的真实性原则，应当进行纳税调整。
未实际发放工资不进行纳税调整。能够在企业所得税税前列支的工资必须是“企业实际发生的、合理的工资”，企业计提而未实际发放的工资不能够税前列支，应进行纳税调整。 成本归集、核算、分配不正确、不准确。企业所得税法对成本的结转遵从会计准则，企业可在会计准则规定范围内，选择成本核算、成本结转方法，且不能随意改变。我们在实际工作中发现，很多企业对产品成本的归集、核算、结转不符合会计准则的规定，也就不符合税法的规定。成本结转金额违反真实性原则，应进行纳税调整。
列支明显不合理金额的费用不进行纳税调整。能够在企业所得税税前列支的成本、费用必须具有合理性，否则应进行纳税调整。例如，一些企业列支明显不合理金额的“办公费用”。
列支与经营不相关的成本、费用却不进行纳税调整。除税法明确规定外，能够在企业所得税税前列支的成本、费用必须是与公司经营相关的，否则应当进行纳税调整。例如，一些企业列支与企业经营不相关资产的折旧、代关联方支付的与企业经营不相关的费用。 福利费余额未用完，却依然在费用中列支。国税函[2009]98号文规定：企业2008年以前按照规定计提但尚未使用的职工福利费余额，2008年及以后年度发生的职工福利费，应首先冲减上述的职工福利费余额，不足部分按新税法规定扣除；仍有余额的，继续留在以后年度使用。根据上述文件，福利费有余额的企业，新发生的福利费支出，应当先冲减应付福利费余额，如果未冲减福利费余额而直接在费用中进行了列支，应当进行会计调整或直接进行纳税调整处理。
此外，企业还应当关注会议费用、劳动保护费用、劳务费用列支的真实性、合理性。对于会议费应当提供会议邀请函、会议纪要等支持性证据；对于劳务费列支应当申报个税，并附有签收单及身份证复印件。
