【问题】
我是河南省某市企业的一位财务人员，我所在的公司是某企业集团下属的子公司，为独立法人，在当地缴纳企业所得税。近期，集团总部在内部审计中发现我公司在2008年企业所得税年度申报时对发生的研究开发费用没有进行加计扣除处理，导致多缴了税金。请问我们能否在2009年企业所得税汇算清缴时补充加计扣除？或者能不能按征管法规定对未加计扣除的数额按多缴税款处理，调整当年申报，向税务机关申请退税或抵税？
【解答】
研发费用加计扣除作为税收优惠，只能在发生当年享受，年度汇算清缴期过后，不能在以后年度补充扣除加计部分。另外，未及时加计扣除不属于计算错误情况，也不能申请退税或抵税。
《国家税务总局关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》（国税函[2009]255号）规定，列入企业所得税优惠管理的各类企业所得税优惠包括免税收入、定期减免税、优惠税率、加计扣除、抵扣应纳税所得额、加速折旧、减计收入、税额抵免和其他专项优惠政策。除国务院明确的企业所得税过渡类优惠政策、执行新税法后继续保留执行的原企业所得税优惠政策、新企业所得税法第二十九条规定的民族自治地方企业减免税优惠政策，以及国务院另行规定实行审批管理的企业所得税优惠政策外，其他各类企业所得税优惠政策，均实行备案管理。按照此项规定，加计扣除就属于列入企业所得税优惠管理的项目，实行备案管理。
国税函[2009]255号同时规定，备案管理的具体方式分为事先备案和事后报送相关资料两种。具体划分除国家税务总局确定的外，由各省、自治区、直辖市和计划单列 市国家税务局和地方税务局在协商一致的基础上确定。列入事先备案的税收优惠，纳税人应向税务机关报送相关资料，提请备案，经税务机关登记备案后执行。
对需要事先向税务机关备案而未按规定备案的，纳税人不得享受税收优惠；经税务机关审核不符合税收优惠条件的，税务机关应书面通知纳税人不得享受税收优惠。列入事后报送相关资料的税收优惠，纳税人应按照新企业所得税法及其实施条例和其他有关税收规定，在年度纳税申报时附报相关资料，主管税务机关审核后如发现其不符合享受税收优惠政策的条件，应取消其自行享受的税收优惠，并相应追缴税款。
各省针对事先备案和事后报送相关资料的具体划分都有详细的规定。如河南省就将加计扣除按事先备案的税收优惠处理，要求纳税年度终了后至报送年度纳税申报表前向主管税务机关办理备案手续。由于该企业没按要求事先向税务机关办理备案，所以也就不得享受税收优惠，更不能在2009年所得税汇算清缴时补扣。
关于退税或抵顶税款，根据《税收征管法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
由于该企业没有事先备案，不能享受加计扣除税收优惠，也就不能调整申报数据，没有形成多缴税款，也就没有税款可退或抵。
